• Phòng ngừa viêm phổi do Pneumocystis jiroveci (PCP) ở người lớn và thiếu niên từ 13 tuổi trở lên, những người không thể chịu được sulfamethoxazole trimethoprim (TMP-SMX).
• Điều trị viêm phổi nhẹ và vừa do Pneumocystis jiroveci (PCP)gây ra.
• Dạng hỗn dịch điều trị viêm miệng cấp tính nhẹ và vừa do Pneumocystis jiroveci(PCP)gây raở người lớn và thiếu niên (từ 13 tuổi trở lên), những người không dung nạp thuốc Trimethoprim - sulfamethoxazole (TMP-SMX).

• Phòng viêm phổi do Pneumocystis jiroveci (PCP): Liều uống khuyến cáo là 1.500mg (10ml), ngày một lần, uống cùng với thức ăn.
• Điều trị viêm phổi nhẹ và vừa do Pneumocystis jiroveci (PCP): Liều uống khuyến cáo là 750mg (5ml) x 2 lần/ ngày (tổng liều hàng ngày là 1.500mg), uống cùng với thức ăn trong 21 ngày.

Rifampin / Rifabutin, Tetracycline: Dùng đồng thời Rifampin/ Rifabutin hoặc Tetracycline với hỗn dịch Atovaquone làm giảm nồng độ của Atovaquone trong huyết tương.

Metoclopramide: Metoclopramide có thể làm giảm sinh khả dụng của Atovaquone.

Indinavir: Dùng đồng thời Indinavir và Atovaquone không gây thay đổi trạng thái ổn định AUC và Cmax của Indinavir nhưng dẫn đến sự sụt giảm nồng độ tối thiểu của Indinavir trong máu toàn phần (Ctrough).

• Buồn nôn, nôn, tiêu chảy, đau đầu, hoa mắt, lo lắng, khó ngủ hoặc khó duy trì giấc ngủ, phát ban, cảm sốt, sưng mắt, mặt, môi, lưỡi, miệng, cổ họng, nổi mề đay, khó thở hoặc khó nuốt, khàn giọng hoặc nghẹt cổ họng. Atovaquone có thể gây ra các tác dụng phụ khác. Gọi cho bác sĩ nếu bạn có bất kỳ vấn đề bất thường nào khi dùng thuốc.
• Thuốc có thể gây nhiễm độc gan, làm viêm gan ứ mật, tăng men gan, suy gan và tử vong, tăng nguy cơ mắc ung thư.

Bệnh nhân có tiền sử phản ứng quá mẫn với Atovaquone hoặc bất kỳ thành phần nào của thuốc.